Jaką ustawiłeś wielkość partycji systemowej? Pamiętaj że mimo przeniesienia aplikacji na kartę wiele plików zostaje w pamięci telefonu. Też używam tego ROMu i zainstalowałem skrypt 40app2sdx według tego xda-developers - View Single Post - [2.Jun.2012] NexusHD2-ICS-4.0.4-CM9-HWA V2.2 (Kernel: tytung_HWA_r3) i nie mam problemu z pamięcią. Tylko musisz mieć partycję SD-EXT.