Może to i głupie... ale może masz przestawioną godzinę?
Czasami tak się zdarza, że po wyjęciu baterii, zmianie ROMu albo po automatycznej aktualizacji godziny zmienia się... godzina właśnie, i program od wiadomości ustawia... wiadomości chronologicznie według godziny, zapisanej w wiadomości.
Pogmatwałem trochę, ale da się chyba zrozumieć ;p

A jeśli nie to, to w manili zakładka wiadomości -> wszystkie wiadomości -> Menu -> Sortuj wg -> czas

Jeśli i to nie zadziała, to wiadomości -> wszystkie wiadomości -> Menu -> Ustawienia -> Tryb Konwersacji/tradycyjny (przełącz na inny, i zobacz, czy tak było kiedy działało)